Các tỉnh phía nam Trung Quốc đối kháng với chính phủ Bắc Dương ở phía bắc, đứng lên chống lại hành động khôi phục chế độ quân chủ của Viên Thế Khải và cả chính phủ kế tục ra đời sau cái chết của ông ở Bắc Kinh. Tôn Dật Tiên cùng các nhà lãnh đạo miền nam khác đã thành lập một chính phủ ở Quảng Châu để chống lại sự cai trị của các quân phiệt Bắc Dương, chính phủ này được coi như một phần của Chiến tranh bảo vệ hiến pháp.

Tôn Dật Tiên và Chính phủ quân quản "Bảo vệ hiến pháp" ở Quảng Châu (1917–22)

Tháng 9, Tôn Dật Tiên trở thành tổng tư lệnh của chính phủ quân quản bảo vệ hiến pháp lâm thời 1912. Các quân phiệt phía nam hỗ trợ chế độ của Tôn Dật Tiên để hợp pháp hóa các tiểu quốc của mình và thách thức Bắc Kinh. Trong một nỗ lực nhằm giành lấy sự công nhận từ cộng đồng quốc tế, họ còn tuyên chiến với Liên minh Trung tâm nhưng không thu được kết quả. Tháng 7 năm 1918, những người theo chủ nghĩa quân quốc ở miền nam cho rằng Tôn Dật Tiên được trao quá nhiều quyền và buộc ông phải tham gia một ủy ban quản trị. Những trở lực ập đến liên tục buộc Tôn Dật Tiên tự ly khai khỏi chính phủ quân quản. Ông tái thành lập Quốc dân đảng, với sự giúp đỡ của Trần Quýnh Minh, Sầm Xuân Huyên, Lâm Bảo Dịch và Lục Vinh Đình vừa bị trục xuất trong Chiến tranh Quảng Đông–Quảng Tây năm 1920. Tháng 5 năm 1921, Tôn Dật Tiên được bầu làm "tổng thống bất thường" bởi một nghị viện thiểu số bất chấp sự phản đối của Trần Quýnh Minh và Đường Thiệu Nghi vì tính vi hiến. Đường Thiệu Nghi bỏ đi trong khi Trần Quýnh Minh mưu đồ với Trực hệ hòng lật đổ Tôn Dật Tiên vào tháng 6 năm 1922, để đổi lấy chức Tổng đốc Quảng Đông.

Tái tổ chức chính phủ quân quản ở Quảng Châu (1923–25)

Sau khi Trần Quánh Minh bị đuổi khỏi Quảng Châu, Tôn Dật Tiên trở lại nắm quyền lãnh đạo vào tháng 3 năm 1923. Đảng được tái tổ chức dựa trên nguyên tắc tập trung dân chủ, và liên minh với Đảng Cộng sản Trung Quốc, theo chiến lược Liên Nga dung Cộng. Chính quyền Quảng Châu tập trung đào tạo sĩ quan quân đội thông qua Học viện quân sự Hoàng Phố mới thành lập. Năm 1924, Trực hệ mất quyền lực, Tôn Dật Tiên đến Bắc Kinh để đàm phán các điều khoản thống nhất với lãnh đạo Quốc dân quân, Phụng hệ và Hoản hệ. Tôn Dật Tiên không thể tiếp tục đảm bảo các điều khoản khi qua đời vào tháng 3 năm 1925 vì bệnh tật. Ngay sau cái chết của Tôn Dật Tiên, các cuộc tranh giành quyền lực nổ ra trong nội bộ Quốc dân đảng. Chiến tranh Vân Nam–Quảng Tây bùng phát khi Đường Thiệu Nghi cố gắng giành quyền lãnh đạo đảng. Ở phía bắc, các cuộc đấu tranh do Quốc dân quân lãnh đạo, chống lại liên minh Trực–Phụng kéo dài từ tháng 11 năm 1925 đến tháng 4 năm 1926. Thất bại của Quốc dân quân đặt dấu chấm hết cho quyền cai trị của họ ở Bắc Kinh.